Реформы в социальной и экономической сферах по указу президента наряду с реформами также претерпели значительные улучшения в области образования.

В качестве этих  изменении в  системе    образования и  на основе приказа  № 2      приемной   комиссии  Республики Узбекистан от 2002 года 14  июня  были приняты  всего  6 магистрантов по следующим  специальностям :  Математика -3,   начальное  образование – 2, каракалпакский язык – 1. В 2002-2003 – учебных  годах отделением   магистратуры  возглавляет кандидат отделения  физики – математики, доцент Б.Ибрагимов. Опытные профессора – преподаватели  провели  с магистрантами  научно- исследовательские  научно -педагогические  работы и  возглавили их      магисторские диссертации.  Все  магистранты успешно  окончили учебу и получили академическую степень  магистра. Если    до 2005 – года в отделение  магистратуры были приняты по трем   направлениям, то  в 2005 – 2006  учебных годах были приняты всего 66 магистрант по 13 направлениям( т.е Математика, Физика, Биология, История, География, Информатика, Начальное образование, Педагогика, Психология, Каракалпакский язык, Каракалпакская литература, Узбекский язык, Узбекская литература) и были  закреплены по своим специальностям на кафедры. В 2006  — 2007 – учебных   годах было  образовано отделение магистратуры   как  отдельное отделение. С  момента образования отделением   возглавил   кандидат педагогических  наук, доцент У.Сейтжанов. В 2006  — 2007 учебных годах в   отделение    магистратуры по следующим направлениям  были приняты   88 магистрантов: Математика, Физика, Биология, История, География , Информатика, Начальное образование, Педагогика, Психология, Каракалпакский язык, Каракалпакская литература, Узбекский язык, Русский язык. На кафедре магистратуры было проведено  множество работы в области подготовки магистров и в разработке  востребованных кадров. Использование  необходимой литературы из бесплатной интернет-сети, электронного  книжного магазина, информационно-ресурсного  центра  дает огромную  возможность магистрантам в их научно- исследовательской работе. Выпускники магистратуры работают в школах, в академических лицеях, в колледжах, в республиканском институте усовершенствования знания учителей, в университете и в институте, а также занимаются  научно-исследовательскими  работами . В 2006-2007 учебном году магистрант 2 -курса  педагогического направления  Амангуль Турдымуратова  стала лауреатом Президентской стипендии. Это продемонстрировало приоритет магистрантов  института в области науки. А также  другие магистранты  добились больших успехов в области спорта. В 2007 году магистранты 2  -курса Юлдашева Максуда( Начальное образование) и Есболганова Гулзийра( История) выиграли по волейболу в Универсиаде  чемпионата Узбекистан в городе Ташкенте и стали гордостью нашей республики. Научно-педагогическая практика и научные исследования разрабатываются кафедрами специализации  и заключаются договоры с лицеями, научно-исследовательскими институтами профессиональных колледжей и высшего учебного заведения. С 2016 года отделением  магистратуры возглавляет кандидат  педагогических  наук, доцент  Мухаббат  Алламбергенова. В 2018-2019 –учебные  годы в отделение магистратуры были приняты всего 89 магистрантов по следующим направлениям:

• 5А 110101 – Методика обучения точных и естественных наук(математика)
• 5А 110201 —  – Методика обучения точных  и естественных наук( физика и астрономия)
• 5А 110301 — Методика обучения точных  и естественных наук(биология)
•  5А 110401 — Методика обучения  социально – гуманитарных  наук(история)
•  5А 110701 –Информационные технологии в образовании
• 5А 110901  —  Теория  и история  педагогики ( Общая педагогика)
• 5А 110902 – Педагогика и психология
•  5А 110903 – Правление  образовательных учреждений
•  5А 111201 – Узбекский  язык и литература
•  5А 111301 – Каракалпакский язык и литература
•  5 А 111301 –Русский язык и литература
• 5А 111601 – Методика обучения социально – гуманитарных наук(основы духовности)
• 5А  111701 – Методика теории обучения и воспитания ( начальное образование)
•  5А 111801 — Методика теории обучения и воспитания( дошкольное образование)

В отделении магистратуры проводятся  воспитательные работы по   требованиям настоящего времени. А также  для разумного проведения свободное время магистрантов были организованы разные мероприятия. Использование необходимой литературы из бесплатной интернет –сети, электронной  библиотеки, информационно – ресурсного центра дает огромную  возможность магистрантам в их научно исследовательской работе.