В 1991 году в составе факультета Каракалпакского языка и литературы была организована кафедра под названием «Современный каракалпакский язык», которую возглавил до 1997 года кандидат филологических наук А. Нажимов. 20 ноября 1992 года из его состава выделилась кафедра «Межфакультетского каракалпакского языка», которую до 1994 года возглавил доктор филологических наук, профессор О.Д.Доспанов. Кафедра каракалпакского языка сначала именовалась «Кафедрой современного каракалпакского языка», с 1997 года «Кафедрой каракалпакского языкознания», с 2016 года «Кафедрой каракалпакского языка». Ею руководили кандидат филологических наук, доцент А.Бекбергенов (1997-1998 года, ноябрь), проф.О.Д.Доспанов (1998-2011год декабрь), доцент О.Сайимбетов (2011-2014 гг.), М.Курбанов (2014-2015 года), доцент А.Пирниязова (2015-2016 гг) раҳбарлик қилди. С декабря 2016 года кафедрой руководит доктор филологических наук Айимбетов Максет Каллиевич. В настоящее время на кафедре работают всего 14 профессоров-перподавателей. Из них 1 доктор наук, 9 кандидатов наук, 5 доцентов, 5 старших преподавателей, 4 ассистента-преподавателей. Научный потенциал составляет 71%. На кафедре каракалпакского языка в 2017-2018 учебном году преподается 25 предметов, по всем предметам подготовлены УМК. В 2017-2018 запланировано выполнение 10200 часов. На кафедре создана научная школа. Под руководством О.Доспанова выполнены 9 кандидатских диссертаций, с целью повышения научного потенциала за последние 5 лет на кафедре защищены несколько кандидатских диссертаций. Из них в 2008 году Б.Курбанбаева защитила кандидатскую диссертацию на тему «Словообразование и морфология южного диалекта каракалпакского языка», А. Сабурова «Музыкальные термины каракалпакского языка» (научный руководитель профессор О.Доспанов), в 2009 году Н.Турабаева «Влияние узбекского языка на развитие лексики каракалпакского языка» (научный руководитель академик Х.Хамидов), в 2010 году С.Шынназарова «Речевые особенности каракалпаков Канлыкульского района Каракалпакстана» 2010 йили С.Шинназарова «Қорақалпоғистон Конликўл ҳудудидаги қорақалпоқларнинг нутқий ҳусусиятлари» (научный руководитель профессор О.Доспанов), в 2011 году М.Курбанов «Лексико-грамматические особенности географических терминов каракалпакского языка» (научный руководитель доцент О.Сайимбетов), в 2012 году А.Пирекеева «Говор каракалпаков Кенимехского районаи» (научный руководитель профессор О.Доспанов). В настоящее время на кафедре 1 старший научный соискатель, 1самостоятельный соискатель ведут работы по своим исследовательским темам. Р.Опаева под руководством д.ф.н., проф М.Кудайбергенова, М.Кайипназарова под руководством д.ф.н., проф Ю.Ибрагимова ведут свои исследовательские работы.