Nukus davlat pedagogika institutining ilmiy-pedagogik faoliyatiga umumiy rahbarlikni Institut Kengashi ( keyingi o’rinlarda Kengash deb yuritiladi) rais boshchiligida amalga oshiradi. Kengash tarkibiga ilmiy ishlar bo’yicha prorektor, ilmiy kotib va institut professor-o’qituvchilari tarkibidagi shaxslar kiradi. Institut Kengashining vakolatlari NDPI Ustavi bilan belgilanadi.

Kengash quyidagi vazifalarni bajaradi: 

1) universitetning tuzilishini belgilaydi, uning ilmiy va o’quv tarkibiy bo’linmalarini (filiallardan tashqari) yaratadi va tugatadi, ushbu Nizomga muvofiq tarkibiy bo’linmalar to’g’risidagi nizomlarni ko’rib chiqadi va qabul qiladi;

2) o’quv jarayonini tashkil etishning barcha masalalari bo’yicha qarorlar qabul qiladi, shu jumladan. o’qish muddatini ko’paytirish yoki qisqartirish, loyihalarni ko’rib chiqish   davlat ta’lim standarti talablariga muvofiq turli darajadagi mutaxassislarni tayyorlashning o‘quv rejalari va dasturlarini;

3) o’quv yilining boshlanish muddatlarining o’zgarishini belgilaydi;

4) o’quv jarayonini tashkil etish to’g’risidagi qoidalarni tasdiqlaydi;

5) fakultet dekanlari, akademik litsey direktorlari, ilmiy kotib, talabalar kengashi raisini ilmiy kengash tarkibiga jamoa konferentsiyasida saylanmasdan kiritish imkoniyati to’g’risida qaror qabul qiladi;

6) universitet vasiylik kengashi va boshqa kengashlarni tashkil etish tartibini belgilaydi. faoliyatning turli yo’nalishlari;

7) fakultetlarning ilmiy kengashlari to’g’risidagi nizomlarni qabul qiladi, ularning tarkibini tasdiqlaydi;

8) rektorni saylash tartibi to ‘ g ‘risidagi nizomni tasdiqlaydi, saylovni o’ tkazish sanasini belgilaydi va mehnat jamoasi konferensiyasining kun tartibini belgilaydi;

9) o ‘zbekiston talaba – fuqarolariga stipendiya miqdorini davlat tomonidan belgilangan eng kam miqdordan kam bo’ lmagan miqdorda yoki talabalarning korxonalar, tashkilotlar, muassasalar bilan tuzilgan shartnomasi shartlariga muvofiq belgilaydi;

10) litsenziya doirasida va nazorat raqamlarini hisobga olgan holda, talabalarni birinchi kursga qabul qilish hajmi va tuzilishini, institutda tahsil olayotgan talabalar sonini belgilaydi;

11) o’qituvchi bilan uning malakasi etarli emasligi sababli mehnat shartnomasini muddatidan oldin bekor qilish tartibini tasdiqlaydi;

12) ilmiy-tadqiqot ishlarining tematik rejalarini shakllantirish, ularning bajarilishi to’g’risida hisobot berish tartibini tasdiqlaydi;

13) litsenziyalashga e’lon qilingan kasb-hunar ta’limi asosiy va qo’shimcha dasturlari bo’yicha o’qitish va qayta tayyorlashni tashkil etish imkoniyatlarini ko’rib chiqadi;

14) rektorning universitet jamoasining bir yillik faoliyati natijalariga ko’ra institutni rivojlantirishning asosiy yo’nalishlarini, shuningdek rektorning hisobotlarini belgilaydi;

15) universitetning bir yil va uzoq muddatli istiqbolda iqtisodiy va ijtimoiy rivojlanish rejasini tasdiqlaydi;

16) fakultet dekanlari, kafedra mudirlari lavozimiga tanlov asosida professor – o’qituvchilar tarkibini tanlash bo’yicha qarorlar qabul qiladi, xodimlar bilan mehnat shartnomalarini tuzish tartibini ko’rib chiqadi;

17) olimlar va faxriy xodimlarni tayinlash uchun taqdim etish uchun attestatsiya masalalarini ko’rib chiqadi unvonlar, hukumat mukofotlari bilan taqdirlash uchun;

18) «katta o’qituvchi», «dotsent», «Nukus davlat pedagogika instituti professori» unvonlarini beradi;

19) doktoranturaga qabul qilish, talabgorlarni biriktirish, ilmiy stajirovkaga yuborish, dissertatsiyalarni tayyorlash va ijodiy ta’tillarni taqdim etish uchun ilmiy lavozimlarga o’tkazish to’g’risida qaror qabul qiladi;

20) ilmiy kengash raisi va uning o ‘rinbosarlari;

21) institutning ilmiy faoliyatining boshqa masalalarini o’ zbekiston Respublikasi qonun hujjatlariga muvofiq ko ‘ rib chiqadi.  

Ilmiy kengash faoliyati Ilmiy kengash majlisida tasdiqlanadigan yillik rejaga muvofiq amalga oshiriladi. Ilmiy kengashning navbatdagi majlislari har oyda o‘tkaziladi, bundan tashqari, zarur hollarda navbatdan tashqari majlislar o‘tkaziladi.